La chiesa si erge nel campo omonimo, e prende il nome dall'antica famiglia veneziana Jubanico che si estinse già nel Medioevo e che fu l'artefice della costruzione della prima chiesa che fu dedicata a Santa Maria del Giglio.
L'edificio attuale fu costruito alla fine del XVII sec. su progetto di Giuseppe Sardi con i fondi della famiglia Barbaro che vollero così esprimere il prestigio ed le virtù marinare e guerriere della loro famiglia. La facciata è fortemente barocca ed alloggia alcune statue dei Barbaro ai lati della porta di ingresso e la statua del capitano Antonio Barbaro nel primo ordine al centro.
L'interno è ad una navata con presbiterio e cappelle minori ed offre una panoranica sulla pittura del '500 e '600 veneziano ospitando tele di Jacopo Palma il Giovane, Paolo Veronese e Jacopo Tintoretto. La sacrestia ospita invece tele di Zanchi e Rubens; del primo è Abramo che spartisce il Mondo, del secondo Madonna con Bambino e S. Giovannino.
Zanchi è anche l'autore dei dipinti dell'organo e di quelli che ornano il soffitto della chiesa.
Di Tintoretto si può ammirare I quattro Evangelisti posti al di sotto dell'organo.