La chiesa di San Fantino è un progetto tardo rinascimentale che si deve allo Scarpagnino, portato avanti dopo la morte di quest'ultimo (1549) da Jacopo Sansovino che la ultimò nel 1564, apportando geniali modifiche come la costruzione del presbiterio e la bella abside. Attualmente la facciata è dominata da un'austera semplicità dovuta all'impiego della pietra d'Istria.
L'interno a tre navate mostra dei dettagli architettonici molto simili a quelli di San Salvatore. La chiesa è nota per due tele di Jacopo Palma il Giovane, Il Doge Luigi Mocenigo dopo la vittoria della battaglia di Lepanto (1571) e La Deposizione di Cristo nel Sepolcro (fine XVI secolo). Vanta anche però un dipinto di Giuseppe Heinz il Giovane raffigurante La Vergine, santi e il parroco Giovanni Pomelli che intercedono per liberare Venezia dalla pestilenza del 1630, un'opera chiaramente della fine del XVII secolo.