Si narra che la chiesa di San Giovanni in Bragora sia stata fondata al principio dell'VIII secolo, da San Magno Vescovo di Oderzo, e altrettanto incerta è l'origine del nome.
La chiesa è dedicata a San Giovanni Battista di cui nel IX secolo sarebbero state portate a Venezia e qui deposte alcune reliquie, ma è l'appellativo "in bragora" che suscita più ipotesi: potrebbe derivare dal dialetto bragola che significa "piazza del mercato", o dal verbo bragolare, cioè "pescare"; oppure avere un'etimologia greca da agorà, piazza.
Ad ogni modo la Chiesa rientra a pieno titolo tra le più affascinanti della città: venne restaurata nel IX e poi nel XII secolo e riedificata nel 1475, secondo un'architettura archiacuta, oggi in gran parte sussistente a parte l'ultimo rimaneggiamento del 1728. La facciata risale al penultimo rifacimento, è tripartita in rispondenza alle navate interne e risponde alla tradizione del gotico veneziano a cui probabilmente si rifece anche l'architetto Michele Codussi per il coronamento delle sue ben note chiese rinascimentali. Il carattere gotico è mantenuto anche nell'interno a pianta basilicale, con tre navate, tre absidi e il soffitto a capriate scoperte. Le colonne sono invece con tutta probabilità preesistenze dell'antica chiesa.
L'arredo pittorico vanta un Cristo dinanzi a Caifa e la Lavanda dei piedi di Jacopo Palma il Giovane, un'Ultima Cena di Paris Bordone... ma l'emblema della chiesa è lo splendido Battesimo di Cristo di Cima da Conegliano (1492-1494). Incorniciato dall'opera congiunta dell'architetto Sebastiano Mariani da Lugano e del lapicida Ludovico Bossi, il dipinto incanta per la dolcezza del paesaggio veneto sullo sfondo mentre in primo piano si svolge la scena del battesimo dominata da un'assoluta assialità che ne accentua l'atmosfera spirituale.