La facciata a tutt'oggi incompleta si deve all'architetto G. Massari che aveva naturalmente previsto di ricoprire l'intera superficie in candido marmo. L'interno è di grande austerità ed è articolato su di un'unica navata. Il presbiterio a pianta quadrata accoglie l'altare con le due statue settecentesche dei Santi Fortunato ed Ermagora - a cui la chiesa è dedicata - attribuite a G. M. Morleiter.
Mentre sulle due pareti laterali sono collocati due Tintoretto: L'Ultima Cena, in passato erroneamente considerato una copia e La lavanda dei piedi che invece è una copia tarda dello stesso dipinto eseguito per questa chiesa ma poi finito nelle collezioni reali spagnole.