Eretta tra il 1497 e il 1504 San Giovanni Crisostomo è l'ultima impresa architettonica di Mauro Codussi che riprende qui motivi già utilizzati per San Michele o San Zaccaria. Il progetto "codussiano" e l'apparato pittorico ne fanno una delle chiese più importanti della rinascenza veneziana: la prima cappella a destra conserva infatti il quadro con San Girolamo, San Cristoforo e Sant'Agostino, un'opera della tarda maturità (1513) di Giovanni Bellini, in aperto dialogo con la pala dell'altar maggiore con San Giovanni Crisostomo e i santi San Giovanni Battista, Liberale, Maria Maddalena, Agnese e Caterina, eseguita tra il 1509 e l'11 da Sebastiano del Piombo, poco prima che l'artista lasciasse Venezia per Roma.