Eine erste Gründung geht auf das 9. Jahrhundert zurück und in der Frühzeit des venezianischen
Staates liessen sich hier zahlreiche Dogen bestatten.
Die heutige Fassade ist ein Werk Mauro Codussis, aus dem späten 15. Jahrhundert. Sie unterstreicht die horinzontale Unterteilung durch markant profilierte Gesimse, während die vertikale Gliederung durch einsetzen von Doppelsäulen und Abstufung der Giebel eine Aufwertung erfährt; über dem Portal die Statue des Heiligen Zacharias.
Die dreischiffige Kirche mit Kreuzgewölbe und Umgangschor beherbergt zahlreiche Meisterwerke venezianischer Kunst und ein Besuch sollte bei keiner Venedigreise fehlen. Zu den Höhepunkten zählt der Altar mit dem Gemälde Giovanni Bellinis Thronende Madonna mit Heiligen und musizierenden Engeln (1505) und in der Athanasiuskapelle der grosse Flügelaltar von Alvise Vivarini und Giovanni d`Alemagna (Johannes aus Deutschland; 1443).
Die Seitenwände schmücken grosse Leinwandbilder, die daran erinnern wie sehr die Geschichte San Zaccarias mit dem Staat verwoben ist. Jedes Jahr zu Ostern wiederholte sich das Ritual eines Besuchs des Dogen und dessen Gefolge, der darin erinnern sollte, dass die Klosterfrauen im 13. Jahrhundert ihre Gärten dem Staat schenkten damit dieser den Markusplatz vergrössern könne.